S:ta Clara motettkör är en blandad kör som är knuten till Stockholms domkyrkoförsamling. Även om kören numera har sin bas i S:t Jacobs kyrka sjunger den ofta i Storkyrkan och vid traditionella konserter i S:ta Clara. Den grundades 1880 av J Ludvig Ohlsson, då som S:ta Clara kyrkokör. Sedan 1979 leds kören av tonsättaren och organisten i S:ta Clara och S:t Jacobs kyrkor Michael Waldenby. S:ta Clara motettkör består av 22 sångare med utpräglat personliga röster och förenar den mindre ensemblens smidighet med en ovanligt fulltonig klang. Under senare år har kören inbjudits till bland annat Nordiska Musikfestivalen i S:t Petersburg (2006) och Ryska festivalen Credo i Tallinn och Tartu (2009).
S:ta Clara motettkörs repertoar har fokus på konstmusik från de senaste 200 åren där tonsättare som Johannes Brahms, Max Reger och Zoltan Kodály är representativa. En specialitet är fransk musik för kör och två orglar av exempelvis Camille Saint-Saëns, Louis Vierne och Charles-Marie Widor - helt naturligt eftersom S:t Jacobs kyrka har två förnämliga instrument av den danska firman Marcussen & Son. Svensk musik av Oskar Lindberg, Otto Olsson och körens ledare är ofta förekommande. Körens repertoar innefattar både lod och spjutspets; nutida tonsättare som Jaako Mäntyjärvi och John Tavener är exempel på detta. För större produktioner har S:ta Clara motettkör samarbetat med bl a Respons sinfonietta och Frälsningsarméns Templets musikkår.
